1.职能机构28个（正处级）。分别是：办公室（董事会办公室），企业管理和法律事务部，科技和信息化部（总工程师室），运输部，客运部，货运部，机务部，车辆部，工务部，电务部，供电部，安全监察室（铁路安全监督管理办公室），设备监造部，计划统计部，财务部（收入部），人事部，劳动和卫生部，审计部，建设部，物资部，经营开发部，职工培训部，土地房产部，保卫部（人民武装部），社会保险部，离退休管理部，对外合作部，监察处（与集团公司纪委合署办公，列党群系统编制）。
2.附属机构29个（处级/科级）。分别是：机辆检测所、工电检测所、客票管理所、统计和节能环保所、机要通信室（保密室）、档案史志室、法律服务所、安全监察大队（长沙、怀化、深圳、惠州、肇庆、海口、广州、衡阳、株洲、张家界、娄底）、收入稽核大队、资金结算所（财务集中核算管理所）、人才交流培训站、职业技能鉴定指导站（劳动力调剂站）、审计室（广州、长沙）、铁路客户服务中心、货运受理服务中心、工程质量监督站、概预算审查所、卫生监督所（广州、长沙、海口）、物资设备采购供应所、房产管理所（土地管理办公室）（广州、长沙）、战备所（武器库）、合资铁路管理办公室、护路联防办公室、广州社会保险管理办公室、离退休人员管理办公室、运输施工管理办公室、防洪指挥部办公室（绿化办）、资产运营监督所、自轮运转特种设备和防火安全办公室。
3.生产机构1个（正处级）：调度所。
4.派出机构8个（处级）派出机构8个。分别是：长沙铁路办事处、海口铁路办事处（与海南公司、海口工程建设指挥部一个机构）、九龙办事处、株洲机车监造项目部、广州车辆监造项目部、株洲车辆监造项目部、株洲（时代）机车监造项目部、江门车辆监造项目部。
广州站、广州南站、广州东站、江村站、深圳站、深圳北站、株洲站、株洲北站、长沙站、长沙南站、广州车务段、惠州车务段、肇庆车务段、海口车务段、衡阳车务段、长沙车务段、娄底车务段、怀化车务段、张家界车务段、广州客运段、广九客运段、长沙客运段、广州机务段、龙川机务段、株洲机务段、长沙机务段、怀化机务段、广州机车检修段、广州车辆段、广州北车辆段、株洲车辆段、长沙车辆段、广州动车段、广州供电段、深圳供电段、肇庆信号水电段、长沙供电段、怀化供电段、衡阳供电段、广州南高铁工务段、广州工务段、惠州工务段、肇庆工务段、长沙高铁工务段、娄底工务段、长沙工务段、衡阳工务段、怀化工务段、张家界工务段、永州工务段、广州工务大修段、广州大型养路机械运用检修段、广州电务段、惠州电务段、长沙电务段、怀化电务段、衡阳电务段、广州通信段、广州货运中心、惠州货运中心、佛山货运中心、长沙货运中心、怀化货运中心。海口综合维修段、海口机辆轮渡段。
广州房建公寓段、惠州房建公寓段、海口房建公寓段、长沙房建公寓段、怀化房建公寓段。
广东羊城铁路实业有限公司、广州铁路物资有限公司（广州物资供应段）、广东铁青国际旅行社有限责任公司、广州铁路站车服务有限公司、广州瑞威经济发展有限公司、广东广铁华南建设监理有限公司、广州铁路文化广告有限公司、广州北羊信息技术有限公司、深圳广铁土木工程有限公司、广州铁路地产置业有限公司、长沙铁路实业发展有限公司、湖南铁路联创技术发展有限公司、广州铁道车辆有限公司、中国铁路（香港）控股有限公司、启文贸易有限公司、广州铁路科技开发有限公司。
1.职工培训基地4个。分别是广州、衡阳、株洲、怀化4个职工培训基地。
2.疾病预防控制所2个。分别是广州、长沙疾病预防控制所。
3.工程建设管理机构8个。分别是：工程管理所、长沙工程建设指挥部、怀化工程建设指挥部、广州工程建设指挥部（佛山西站工程建设指挥部）、深圳工程建设指挥部、江门工程建设指挥部、海口工程建设指挥部、职工住房建设指挥部。
4.其他单位6个。具体为：融媒体中心、信息技术所、机关事务部、派驻湖南省护路联防办公室、驻琼护路联防办公室、广州城市管理大队（广州市城市管理综合执法局铁路分局）。
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