2004年2月2号经国务院批准，铁道部所属中国铁路物资总公司和铁道通信信息有限责任公司与铁道部脱钩，移交国务院国有资产监督管理委员会(以下简称国资委)，纳入国资委代表国务院履行出资人职责的企业名单。铁道通信信息有限责任公司将更名为中国铁通集团有限公司。
截至2004年12月1日，国务院已批准下列企业进行重组：
中国科学器材进出口总公司并入中国生物制品总公司成为其全资子企业，
中煤建设集团公司并入中国煤炭工业进出口集团公司成为其全资子企业，
中国药材集团公司并入中国医药集团总公司成为其全资子企业，
中国食品发酵工业研究所并入中国轻工集团公司成为其全资子企业，
中国华轻实业公司并入中国工艺美术(集团)公司成为其全资子企业，
中国高新投资集团公司吸收合并复兴浆纸有限公司，后者注销，
中国土木工程集团公司并入中国铁道建筑总公司成为其全资子企业，
中国海外工程总公司并入中国铁路工程总公司成为其全资子企业，
中国四维测绘技术总公司并入中国卫星通信集团公司成为其全资子企业，
中国免税品(集团)总公司并入中国国际旅行社总社成为其全资子企业，
中国进口汽车贸易中心并入中国机械装备(集团)公司成为其全资子企业，
中国牧工商(集团)总公司并入中国水产(集团)总公司成为其全资子企业，
邯邢冶金矿山管理局并入中国五矿集团公司成为其全资子企业，
中国旅游商贸服务总公司并入中国中旅(集团)公司成为其全资子企业，
中机国际工程咨询设计总院并入中国新时代控股(集团)公司成为其全资子企业，
中国土畜产进出口总公司并入中国粮油食品(集团)有限公司成为其全资子企业，
中国蓝星(集团)总公司与中国昊华化工(集团)总公司重组为中国化工集团公司，原企业保留法人资格。
截至2004年12月1日，国务院国资委履行出资人职责的企业总数为181户。
2004年12月28日，中国建筑材料科学研究院、中国轻工业机械总公司并入中国建筑材料集团公司和中国水利电力对外公司并入中国水利投资公司的重组事宜已经国务院批准，中国建筑材料科学研究院、中国轻工业机械总公司和中国水利电力对外公司将分别成为中国建筑材料集团公司、中国水利投资公司的全资子企业。上述5户企业重组后，国资委履行出资人职责的企业由181户调整为178户。
2005年3月7日，中国外轮理货总公司并入中国远洋运输(集团)总公司重组事宜已经国务院批准，中国外轮理货总公司将成为中国远洋运输(集团)总公司的全资子公司，有关重组方案将报国资委批准后实施。以上两户企业重组后，国资委履行出资人职责的企业由178户调整为177户。
2005年4月26日，天津水泥工业设计研究院并入中国材料工业科工集团公司、中国纺织物资(集团)总公司并入中国恒天集团公司、中国寰球工程公司并入中国石油天然气集团公司、中国有色工程设计研究总院并入中国冶金建设集团公司、华侨城集团公司与华联发展集团有限公司重组已经国务院批准。
鉴于华联发展集团有限公司为多元股东结构的有限责任公司，国务院授权国资委履行出资人职责的国有股权占整个股比的12.09%(以下简称12.09%国有股权)，在12.09%国有股权划转给华侨城集团公司之前，授权华侨城集团公司全面代行12.09%国有股权的出资人职责，同时授权华侨城集团公司按照法定程序办理12.09%国有股权及其各年度应分红利的划转和产权登记手续。以上10户企业重组后，国资委履行出资人职责的企业由177户调整为172户。
2005年8月1日，中国长城计算机集团公司并入中国电子信息产业集团公司，重组后中国长城计算机集团公司撤销;
中国港湾建设(集团)总公司与中国路桥(集团)总公司以新设合并方式组建“中国交通建设集团有限公司”，中国港湾建设(集团)总公司与中国路桥(集团)总公司撤销;
中国医疗卫生器材进出口公司并入中国生物技术集团公司成为其全资子企业。
以上6户企业重组后，国资委履行出资人职责的企业由172户调整为169户。
2006年1月14日，经国务院同意,长江口航道建设有限公司已调整为交通部长江口航道管理局，不再作为国务院国有资产监督管理委员会履行出资人职责的企业。(168户)
2006年3月17日，中谷粮油集团公司并入中国粮油食品(集团)有限公司的重组事宜已经国务院批准，中谷粮油集团公司将成为中国粮油食品(集团)有限公司的全资子公司。国资委已向上述两企业下发重组通知，国资委履行出资人职责的企业调整为167户。
2006年4月29日，中讯邮电咨询设计院并入中国联合通信有限公司的重组事宜已经国务院批准，中讯邮电咨询设计院将成为中国联合通信有限公司的全资子企业。国资委已向上述两企业下发重组通知。以上两企业重组后，国资委履行出资人职责的企业调整为166户。
2006年8月25日，经报国务院批准，中国寰岛(集团)公司(以下简称寰岛公司)并入中国诚通控股集团有限公司(以下简称诚通公司)，诚通公司结束对寰岛公司的托管。国资委已向两户企业下发重组通知，至此，国资委履行出资人职责的企业由166户调整为165户。
2006年10月24日，经报国务院批准，中国化工建设总公司并入中国海洋石油总公司成为其全资子企业;中国投资担保有限公司(原中国经济技术投资担保有限公司)并入国家开发投资公司成为其全资子公司;将我委持有中国华源集团有限公司9.136%股权无偿划转给中国华润总公司;中国工艺品进出口总公司和中国工艺美术(集团)公司联合重组成立一家新的集团公司，新公司名称为“中国工艺(集团)公司”。
以上8户企业重组后，中国化工建设总公司、中国投资担保有限公司、中国华源集团有限公司、中国工艺品进出口总公司和中国工艺美术(集团)公司不再作为国资委直接履行出资人职责的企业，国资委直接履行出资人职责的企业由目前的165户调整为161户。
2006年12月28日，经报国务院批准，钢铁研究总院更名为中国钢研科技集团公司，冶金自动化研究设计院并入中国钢研科技集团公司成为其全资子企业，中国地质工程集团公司并入中国新时代控股(集团)公司成为其全资子企业。我委已向上述4户企业下发重组通知。
至此，我委履行出资人职责的企业由161户调整为159户。
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