1、巴州人民医院 (三甲)
巴音郭楞蒙古自治州人民医院（简称巴州人民医院）是自治州境内规模最大、医疗技术水平较高、各项正向指标在全疆地州级医院位置居前的一所综合医院。医院前身是1937年苏联援建的新疆省立第八医院，正式成立于1954年。经过六十年的发展建设，已成为国家三级甲等医院，医院拥有在职职工2068人，其中在编1150人，聘用918人，另有离退休356人，高级职称专业技术人员215人，中级职称377人，硕士研究生70人，大学本科714人。编制床位1400张，
2、新疆生产建设兵团第二师库尔勒医院 (三甲)
新疆生产建设兵团第二师库尔勒医院始建于1974年，医院占地面积79664平方米，建筑面积79576平方米，编制床位345张，实际开放516张。是巴州、农二师集医疗、教学、科研、预防保健、急救、康复于一体的国家三级医院
3、库尔勒市第一人民医院 (二甲)
库尔勒市第一人民医院地处孔雀河畔团结南路，创建于1954年，现占地面积30亩，业务用地1.7万平米，业务用房5万平米。已发展建设成为集医疗、教学、科研、预防、保健、康复于一体的技术优良、设备先进、功能齐全的国家二级甲综合医院。医院1995年批准编制床位250张，2008年增批床位至299张，2013年7月卫生厅特批准编制床位至450张，目前实际开放床位630张，拥有固定资产2.4亿元，在职职工741人（其中正式职工439人，同工同酬人员：46人，合同工254人，储备人才2人），拥有正副高级职称107人，中级职称84人，初级职称494人，
4、库尔勒市第二人民医院 (二甲)
库尔勒市第二人民医院（前身库尔勒铁路医院），成立于1984年12月，2004年12月由乌鲁木齐铁路局整建制交库尔勒市政府，性质为差额事业单位，位于库尔勒市新城南路28号，是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复为一体的二级甲等综合性医院。 占地面积34000㎡，医院2004年编制床位120张， 2009年增批准床位170张，2015年增批编制床位至299张，实际可开放床位400张。
5、库尔勒市妇幼保健院 (二甲)
库尔勒市妇幼保健院位于新疆维吾尔自治区省库尔勒市梨香路，是一家二级妇幼保健院，占地面积4.09亩，业务用房8086平米。拥有固定资产5111.44多万元。设置床位50张，实际开放44张。
6、巴州燕赵蒙医院（巴州第二人民医院） (二甲)
巴州燕赵蒙医院（既巴州第二人民医院）始建于1982年，是全州唯一一所集蒙医医疗、教学、科研、预防保健、康复为一体的地州级公立性二级甲等蒙西医综合医院，
1、焉耆回族自治县人民医院 (二甲)
焉耆县人民医院始建于1952年12月，是一所集医疗、教学、康复、保健、社区服务为一体的二级甲等综合医院。医院占地总面积37000平方米，建筑面积28600平方米，其中医疗用房14770.47平方米，绿化面积已达65%以上。目前编制床位300张，固定资产5500万元。现有职工464名，其中在编职工291名，聘用职工173名，主任医师职称7名，副主任医师职称29名，中级职称58名，研究生学历4名，大学本科生60名，大学专科生125名。
2、新疆兵团第二师焉耆医院 (二甲)
新疆兵团第二师焉耆医院位于巴音郭楞蒙古自治州焉耆县城开都河南岸。1950年3月18日正式建院，国家二级甲等综合医院。医院现占地面积24万平方米，建筑面积78900平方米，其中医用建筑面积41029平方米。固定资产2.2亿元。现有职工600余人，正高职称9人，副高职称55人，中级职称135人，
1、轮台县人民医院 (二甲)
轮台县人民医院位于新疆维吾尔自治区省轮台县城文化路，是一家二级甲等综合医院。
1、和静县人民医院 (二甲)
巴州和静县人民医院，始建于1951年，是一所集医疗、教学、科研、预防保健、康复、理疗、社区服务和急救为一体的综合性二级甲等医院，
1、且末县人民医院 (二甲)
且末县人民医院为公立二级甲等综合医院,且末县人民医院位于且末县城丝绸路中路3号,
1、若羌县人民医院 (二甲)
1、和硕县人民医院 (二甲)
和硕县人民医院是一所四十多年历史的集医疗、科研、教学、预防、保健和社区服务为一体的县级综合医院。
1、尉犁县人民医院 (二甲)
尉犁县人民医院是集医疗、教学、康复、保健功能于一体的综合性县级医疗保健机构，担负着全县人民的防病、治病重任。医院占地面积56166平方米，建筑面积31649平方米，其中医疗业务用房18700平方米，绿化面积达22466平方米。医院床位编制156张，人员编制数210个，现总人数349名，其中正式职工206名，聘用职工143名；其中：正高职称13名，副高职称23名，中级职称32名，初级及其他人员281名。本科学历30人，大专学历107人。在职党员35人。
1、博湖县人民医院 (二甲)
博湖县人民医院位于新疆维吾尔自治区省新疆巴音郭楞州博湖县中华南路12号，是一家二级综合医院。
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