华山医院感染病学科创建于1955年，创始人为蜚声中外的著名临床医学专家、我国临床微生物学的奠基人戴自英教授，医术精湛、在医学界享有很高威望的感染病学家徐肇玥教授、刘裕昆教授、汪复教授、张婴元教授、翁心华教授、金向涛、王嘉瑞、孙涛等相继任感染病学科负责人，数十年来在传染病的临床科研工作中已形成学科特色和优势。
感染病学科1978年获准为国家教委首批博士点，1989年为国家教委首批重点学科，1996年进入国家教育部211重点工程，2001年评为国家重点学科，数十年来在诊治经典传染病及感染病的医疗、教学、科研工作中已形成学科特色和优势，是国内重要的病毒性肝炎相关肝病和其他感染病临床医疗中心之一。
复旦大学附属华山医院皮肤科建于1929年，至今已有八十六年历史，是国家首批硕士和博士点授予单位，是我国主要的皮肤病学医教研和人才培养基地之一，一直在国内外享有盛誉。已连续五年位居中国医院最佳皮肤科专科排行榜榜首，入选卫生部临床重点专科和上海市“重中之重”临床重点学科。现有医师75人，其中正高10人，副高18人，主治医师18名，博士生导师5人，硕士生导师8人。全科具有博士学位者43名，硕士学位者25人。
华山医院皮肤科现有病床42张，收治各种疑难杂症和危重病人，并设急诊24小时值班制，年住院患者2500余人次，年急诊约5万。门诊就诊人数也逐年上升，年门诊量已逾162万人次，就诊患者中约60％来自外省市、港、澳、台地区，其他国家来诊者亦与日俱增，病例数之多、病种之广在国内是首屈一指，在国际上亦属罕见。
复旦大学附属华山医院康复医学科是一个具有50余年的悠久历史的学科。早在1957年华山医院就创建了国内首批医疗体育治疗室（现今康复医学科前身），在我国康复医学创始人之一范振华教授的领导下，开展以运动系统伤病康复为主的综合康复医疗工作，同时也是国内最早招收康复医学与理疗学硕士研究生的硕士点之一。
在2012年度最佳专科排名中，复旦大学附属华山医院康复医学科排名，位列全国第三位；2013年获得国家临床重点专科建设项目—康复医学国家临床重点专科。
复旦大学附属华山医院神经外科1952年建科，1981年第一批被评为博士点，1982年成为WHO神经科学研究与培训中心，1989和2002年连续被国家教委批准为国家重点学科，“211工程”一、二、三期建设学科，1991年以来连续5次成为卫生部重点建设临床学科，2001年成为复旦大学“重中之重”建设学科；2001年成为“上海市神经外科临床医学中心”；2002年至今连续被批准为“国家继续医学教育基地”；2006年成为“国家神经外科专科医师培训基地”；2011年成为“国家临床重点专科”、“复旦大学神经外科研究所”，2013年成为“上海市神经外科专科医师培训基地”。
本科为国内主要的神经外科中心，在我国神经外科史上写下了我国第一例脑肿瘤手术、第一例脑动脉瘤夹闭术、第一例脑干内生型血管母细胞瘤切除术、第一例自体干细胞脑内移植治疗开放性颅脑外伤等多个第一；迄今为止共施行了逾10万例脑外科手术，在神经外科的临床医疗、科研和教学等方面始终处于国内外先进水平。
神经内科是复旦大学附属华山医院的特色学科之一，由著名神经病学家张沅昌教授创立于1950年，1980年成立卫生部批准的神经病学研究所，1981年成为全国首批神经病学博士学位授予点。90年代初，吕传真教授领衔学科建设，形成脑血管病、神经免疫疾病、运动障碍及退行性疾病、癫痫与睡眠障碍的四大专业方向，1995年成为上海市医学领先专业重点学科，2000年被列为复旦大学“985工程”建设学科。
目前是WHO神经科学研究和培训合作中心、教育部国家重点学科、卫生部临床重点专科（建设项目）、复旦大学“985”工程的III期“重中之重”建设学科、国家医学神经生物学重点实验室的临床部分。华山医院本部拥有病床92张、华山北院47张、静安区中心医院分部35张、和从事神经科学研究与临床检验技术开发的神经病学研究所。
复旦大学附属华山医院放射科成立于1933年，创始人为我国著名放射学家、医学教育家邹仲教授。科室经过70多年的发展和几代人的努力，已成为技术力量雄厚，设备先进，医教研成绩突出的具有鲜明特色科室之一。1997年被国家教委评为“211工程”影像医学重点学科，学科点是国内最早建立博士点之一，2001年同神经内外科一起被复旦大学评为重中之重学科。2002年被评为教育部重点学科。
本科为中华放射学会主委单位，上海市放射诊断质控中心挂靠单位和主委单位;中国女医师协会医学影像专委会主委单位；中国医学计算机成像杂志编辑部所在地。科室已有多项成果获得鉴定和推广应用。曾获得国家科委发明奖一项，卫生部和上海市科研成果奖多项。
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