按照惯常的理解，校名为“＊＊大学＊＊学院”“＊＊大学＊＊分校”的都是三本性质的独立学院，也就是通常所说的“三本”，是民办性质。但在高考志愿填报中，甚至在教育部“阳光高考”平台“院校库”中，都有一些校名貌似独立学院，却是公办性质院校在招纳生源。
1998年，原浙江医科大学、浙江大学、杭州大学、浙江农业大学合并成立新的浙江大学，并于次年重组成立了浙江大学医学院和药学院。2009年浙江大学实行大部制，将医学院和药学院重组，成立浙江大学医学部。2014年浙江大学实施学部制优化改革，医学部更名为医药学部，医学院和药学院独立建院。
2000年，原上海医科大学、复旦大学合并组建成为新的复旦大学。2018年，教育部、国家卫健委、上海市政府共建托管复旦大学上海医学院及其直属附属医院。2019年，复旦大学上海医学院高水平地方高校试点建设正式启动。
2005年，原上海交通大学、上海第二医科大学合并组建新的上海交通大学。后来，在原上海第二医科大学和原上海交通大学医学院基础上，组建上海交通大学医学院，并由教育部、上海市政府重点共建。2010年，上海交通大学医学院成为卫生部与教育部合作共建的第一批10个重点高校中的一员。
这些医学院都是当时高校合并共建的产物。也许是医学院校的特性使然，与学校的其它院系相比，其行政级别较高，话语权也比较大，其独立自主性显得较为突出。如2012年新的上海医学院成立时便明确其作为复旦大学党政的派出机构，根据学校的授权，在大医口的人才培养、科学研究、学科建设、发展规划、资源配置、对外交流等方面行使相对独立的管理权限。查询官网可知，复旦大学医学院、上海交通大学医学院的党委书记、院长分别由复旦大学、上海交通大学的党委副书记、副校长兼任，浙江大学医学院党委书记由浙江大学副校长兼任。
目前，复旦大学上海医学院与复旦大学、上海交通大学医学院与上海交通大学、浙江大学医学院与浙江大学在高考招生工作中都是一个学校两个招生代码，分别编制计划，分别设定提档分数线、分别录取新生。毕业时所颁发的学历证书和学位证书的学校名称分别统一为“复旦大学”“上海交通大学”“浙江大学”。
东北大学秦皇岛分校的前身秦皇岛冶金地质职工大学是一所成人高校，1987年被东北工学院（现东北大学）整体接收后挂“东北大学秦皇岛分校”校牌，但因和东北大学同属当时的冶金工业部管理，与东北大学是兄弟院校，是并列关系而不是包含关系，因此独立性较强。曾经很长一段时间里都是以东北大学秦皇岛分校的名义招生办学。
1984年成立的山东大学威海分校是山东大学与威海市政府合作推动当地高等教育发展的产物。威海分校虽然也接受山东大学的管理，但享有较大的人事、财务、教学、管理权限，发“山东大学威海分校”的毕业证书，1992年还曾经增挂“威海大学”校牌。
目前，东北大学秦皇岛分校与东北大学、山东大学威海分校与山东大学虽然都分别使用招生代码和招生计划，但分别由东北大学、山东大学颁发完全统一的、没有任何区别的毕业证和学位证，是只有办学地点不同的一家人。有意思的是，山东大学已经将威海分校更名为山东大学（威海），“学信网”也已经从山东大学威海分校更改为山东大学，但教育部高校招生仍然使用“山东大学威海分校”名称。
内蒙古科技大学包头师范学院和内蒙古科技大学包头医学院是一对难兄难弟，再加上原来的包头钢铁学院，就如一根藤上的三个瓜。除了学校名称共享之外，没有任何的隶属关系，是中国高等学校体制中仅有的“邦联制”。2003年，原包头师范学院、包头钢铁学院、包头医学院追随当时合并更名升格的潮流，合并组建为内蒙古科技大学。可能是由于三校原来的行政级别差异、实力悬殊等原因，在合并重组过程中磨合不好，矛盾比较大，再加上内蒙古自治区的特殊性，一年半后的2004年12月，内蒙古自治区政府批准内蒙古科技大学分为三个具有独立法人资格的办学实体，原包头钢铁学院保留内蒙古科技大学校名，原包头医学院冠名为内蒙古科技大学包头医学院，原包头师范学院冠名为内蒙古科技大学包头师范学院。三个办学实体的毕业证书使用的学校名称分别为：“内蒙古科技大学”“内蒙古科技大学（包头师范学院）”“内蒙古科技大学（包头医学院）”。
三校的分离状况虽然早就得到内蒙古自治区政府的认可，目前也分别有冠名为“内蒙古科技大学（http://www.btu.edu.cn）”“包头师范学院（https://www.bttc.edu.cn）”“包头医学院（https://www.btmc.edu.cn）的官方网站，在高考志愿填报时也分别有独立的招生代码、招生计划，但是从教育部所公布的普通高等学校名单看，教育部并不承认三家高校分离，三者仍然属于同一所学校--内蒙古科技大学。
浙江大学城市学院和浙江大学宁波理工学院都曾经是浙江大学与当地政府或企业共同主办的民办独立学院，是独立学院的双子星。其中，1999年由浙江大学与杭州市人民政府联合创办的浙江大学城市学院被认为是中国最早的独立学院。2020年1月，教育部批复同意浙江大学城市学院转设为浙大城市学院，浙江大学宁波理工学院转设为浙大宁波理工学院，校名缩减两个字，但办学性质却由民办逆转为公办，是当前独立学院转设中少有的公办院校。
转设后的新校名之所以还保留“浙大”二字，一是基于在招生、就业等方面对浙江大学“985工程”“211工程”“双一流”品牌的仰仗和借重。二是基于与浙江大学的紧密关系。根据浙江大学“立交桥”政策规定，浙大城市学院和浙大宁波理工学院每年从一年级新生中推荐品学兼优的学生，从二年级开始转入浙江大学学习，录取名额不超过学校当年普通本科招生总数的1%。此外，浙大宁波理工学院同时也是浙江大学宁波校区的有机组成部分，从浙大宁波理工学院当年招收的优秀学生中选拔组建新工科求是班，实施高水平本科生创新人才培养计划。
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